Hoy, configurando clientes para usar con apt-cacher, me he dado cuenta que a veces nos complicamos demasiado la vida.
En el trabajo, cuando viene una máquina configurada con este sistema, o simplemente instalando una nueva, nos toca estar retocando las lineas que apuntan al servicio apt-cacher cuando en realidad, si lo hacemos con las opciones que nos da apt, podemos hacerlo de una manera más sencilla.
El método está explicado en la wiki como método 2.
Consiste simplemente en no tocar nada de los archivos que indican los repositorios, e indicar a apt que use un proxy.
Así de simple.